NIVEL DIRECTIVO
El nivel Directivo representa el más alto grado de la estructura de la Institución; orientará y dirigirá la política del Banco; su relación de autoridad es directa respecto del nivel ejecutivo  y sus decisiones se cumplen a través de éste.El nivel Directivo estará conformado por el Directorio de la Entidad.El Directorio estará integrado de conformidad a lo establecido en la Ley Orgánica del Banco Nacional de Fomento.

NIVEL EJECUTIVO
Corresponde al nivel Ejecutivo, cumplir y hacer cumplir las políticas fijadas por el Directorio; su relación de autoridad es directa sobre los niveles Asesor, Auxiliar, Operativo y sobre la unidad de Auditoria Interna.Estará conformado por:

• Gerencia General y
• Subgerencia General.

Bajo la dependencia directa de la Gerencia General, se encuentran las unidades de Auditoría Interna y Asesoría Jurídica.El Gerente General será elegido por el Directorio para un período de cuatro años y podrá ser reelegido indefinidamente. Es la máxima autoridad de la Administración del Banco.El Subgerente General será nombrado por el Directorio, de una terna propuesta por el Gerente General, a quien reemplazará en caso de ausencia temporal, impedimento o vacancia.

NIVEL ASESOR
El nivel Asesor absuelve los requerimientos de consulta de los niveles Directivo, Ejecutivo y Operativo; su relación de autoridad es directo con los niveles Directivo y Ejecutivo e indirecta con los otros niveles. Estará conformado por las siguientes unidades u organismos:

• Comisiones
• Comités
• Asesores de la Administración Superior
• Auditoría Interna
• Asesoría Jurídica

Los Asesores de la Administración Superior deberán ser especialistas en las materias que se estimen necesarias y serán nombrados por el Gerente General.

La Auditoría Interna y la Asesoría Jurídica, estarán conformadas por los departamentos constantes en los organigramas estructurales correspondientes.

NIVEL AUXILIAR El nivel Auxiliar prestará ayuda en el funcionamiento de los otros niveles y estará representado por la unidad de Secretaría General.

NIVEL OPERATIVO El nivel Operativo ejecutará las políticas y los programas de  los trabajos fijados por los niveles Directivo y Ejecutivo, tendientes a la consecución de los objetivos del Banco. Estará conformado por las siguientes áreas:

• Gerencia de Crédito
• Gerencia de Operaciones
• Gerencia de Finanzas
• Gerencia Administrativa
• Gerencia de Riesgos
• Gerencia de Tecnología de la Información
• Gerencias Zonales
• Gerencia de Microfinanzas
• Gerencia de Marketing
• Gerencia de Comercialización
• Gerencia de Talento Humano
• Sucursales y
• Agencias.